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【科研必备】秒懂文献蛋白互作图:从 STRING 网络到 Co-IP 结果的全类型解析!

浏览:158 发表时间:2025-08-26

一、酵母双杂交


酵母双杂交实验是一种经典的分子生物学技术,广泛用于研究蛋白质之间的相互作用。本实验旨在通过酵母双杂交系统验证NF-YC9蛋白与BIN2蛋白之间是否存在相互作用。实验设计包括以下几部分:

1. 实验材料与培养基

培养基:

二缺板(SD/-Trp/-Leu):用于初步筛选融合蛋白的表达情况,同时排除单个融合蛋白的自激活现象。

四缺板(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade):用于进一步验证蛋白质之间的相互作用,通过检测报告基因(如HIS3和ADE2)的表达来判断互作的强度和可靠性。


2. 实验分组

①实验组:本实验的核心目标是验证NF-YC9与BIN2蛋白之间是否存在相互作用。通过将NF-YC9和BIN2分别构建到酵母双杂交系统的两个融合蛋白载体中,观察其在酵母细胞中的互作情况。

②阴性对照:设置阴性对照组,以确保实验结果的可靠性。阴性对照组中,两个融合蛋白之间不存在已知的相互作用,用于排除背景信号和非特异性结合的可能性。

阳性对照:选用已知存在相互作用的蛋白对(如BZR1与BIN2)作为阳性对照,以验证实验系统的有效性和可靠性。阳性对照组的预期结果为在四缺板上能够正常生长,且生长情况良好。


3. 实验结果分析

在实验过程中,我们分别将实验组、阴性对照组和阳性对照组的酵母菌株接种到二缺板(SD/-Trp/-Leu)和四缺板(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)上进行培养。经过一段时间的培养后,观察菌落的生长情况。

①二缺板(SD/-Trp/-Leu):在二缺板上,实验组、阴性对照组和阳性对照组均能够正常生长,说明构建的融合蛋白载体在酵母细胞中成功表达,且酵母细胞能够正常生长和代谢。

②四缺板(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade):在四缺板上,阳性对照组的酵母菌落生长良好,说明已知的蛋白对(BZR1与BIN2)之间存在明确的相互作用,且实验系统运行正常。阴性对照组的酵母菌落未能生长,表明实验系统能够有效区分非特异性结合和背景信号。而实验组的酵母菌落也在四缺板上生长,且生长情况与阳性对照组相似。

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二、pull-down


Western Blot 检测

以 GST-BIN2 作为诱饵时:在 Western Blot 检测中,可以清晰地检测到 His-NF-YC9 蛋白的特异性条带。这表明 GST-BIN2 诱饵蛋白能够成功捕获 His-NF-YC9 猎物蛋白,说明两者之间存在相互作用。


以 GST 作为诱饵时:在 Western Blot 检测中,未检测到 His-NF-YC9 蛋白的特异性条带。这表明 GST 诱饵蛋白无法捕获 His-NF-YC9 猎物蛋白,说明 GST-BIN2 与 His-NF-YC9 的相互作用具有特异性,而非由于非特异性结合导致。


三、BiFC


1、实验组:在实验组中,观察到明显的 YFP 荧光信号,表明 GST-BIN2-N-YFP 和 His-NF-YC9-C-YFP 融合蛋白之间发生了相互作用,导致 YFP 的两个片段重新组装并恢复荧光。

2、阴性对照组:在阴性对照组中,未观察到 YFP 荧光信号,说明 GST 蛋白与 His-NF-YC9 蛋白之间不存在相互作用,验证了实验系统的特异性。

3、共定位分析:在图像叠加(Merge)分析中,YFP 荧光信号与核定位标记蛋白 VirD2NLS-mCherry 的红色荧光信号有明显的共定位现象。这表明 GST-BIN2 与 His-NF-YC9 的相互作用发生在细胞核内。

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四、CO-IP


1、实验组:在 Western Blotting 图像中,清晰地检测到 BIN2-MYC 和 NF-YC9-FLAG 的特异性条带。这表明在细胞环境中,BIN2-MYC 与 NF-YC9-FLAG 蛋白能够形成稳定的复合物,且两者之间存在体内相互作用。


2、阴性对照组:在阴性对照组中,未检测到 NF-YC9-FLAG 的特异性条带,仅检测到少量的非特异性背景信号。这表明实验组中 NF-YC9-FLAG 的捕获是特异性的,排除了抗体的非特异性结

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